La maladie entraîne des conséquences différentes selon que :

• le salarié est absent pour maladie au cours de l’année, c’est-à-dire durant la période de référence (du 1^er juin de l’année précédente au 31 mai de l’année en cours) ;
• le salarié tombe malade pendant ses congés payés.

Maladie au cours de l’année

Les périodes d’absence pour maladie ne sont pas assimilées à des périodes de travail effectif pour le calcul de la durée du congé. Ainsi, théoriquement, un salarié absent pour maladie pendant 1 mois aura 2,5 jours de congé en moins.

Cependant, il faut noter que :

• les absences pour accident du travail et maladies professionnelles, y compris accident de trajet (Cass. soc., 3 juillet 2012), n’entraînent pas de réduction de la durée des congés, à condition que la suspension ne dure pas plus d’1 an et qu’elle soit ininterrompue (les rechutes ne permettent pas de bénéficier de ces conditions avantageuses) ;
• la règle des équivalences (1 mois de travail = 4 semaines de présence) peut permettre de neutraliser de courtes absences pour maladie. Ainsi, un salarié absent pour maladie pendant 1 mois et ayant finalement travaillé 12 fois 4 semaines au cours de l’année aura droit à ses congés complets ;
• selon l’article D. 3141-3 du Code du travail, l’employeur ne peut pas déduire intégralement du congé annuel les jours d’absence. Par exemple, un salarié absent pour maladie 5 jours dans l’année ne peut, de ce fait, se voir amputer ses congés payés de 5 jours ;
• les conventions collectives peuvent prévoir que, dans une certaine limite de durée, l’absence pour maladie ne peut entraîner de réduction des congés payés ;
• la Cour de justice de l’Union européenne considère que cette règle n’est pas conforme avec la Directive européenne n° 2003/88 du 4/11/2003 (CJUE, 24 janvier 2012). En conséquence, tant que la France ne se mettra pas en conformité avec cette directive, un salarié peut engager la responsabilité de l’État auprès des tribunaux administratifs et le faire condamner à lui indemniser le nombre de jours de congés payés perdus à cause d’un arrêt maladie, dans la limite de 4 semaines (Tribunal administratif de Clermont-Ferrand, 6 avril 2016). Si le salarié est employé dans une entreprise délégataire d’un service d’intérêt public (société de transport en commun privée qui assure un service public, par exemple), il peut réclamer directement à son employeur une indemnité compensatrice (Cass. soc., 22 juin 2016).

Maladie pendant la période de prise des congés payés

Plusieurs situations peuvent se présenter selon le moment où survient la maladie.

Le salarié tombe malade au moment où il doit prendre ses congés

Le salarié qui n’a pas pu prendre ses congés payés annuels du fait d’un arrêt de travail dû à une maladie (Cass. soc., 24 février 2009), un accident du travail ou une maladie professionnelle (Cass. soc., 27 septembre 2007) a droit de prendre ses congés après la date de reprise du travail même si la période de prise de congés retenue par accord collectif ou l’employeur est expirée au moment de son retour dans l’entreprise.

Un nouveau report est possible en cas de rechute d’un accident du travail ayant entraîné un nouvel arrêt de travail (Cass. soc., 16 février 2012).

La Cour de cassation a précisé qu’une limitation dans le temps du droit au report est autorisée, si la durée retenue dépasse substantiellement celle de la période de référence (Cass. soc., 21 septembre 2017). Par ailleurs, si aucun accord d’entreprise ou de branche ne fixe une limite au report des congés en cas d’arrêts maladie successifs, cette possibilité de report n’est pas limitée dans le temps.

Si le contrat de travail prend fin avant que l’intéressé puisse obtenir ses congés, l’employeur doit lui verser une indemnité compensatrice.

Avec ces arrêts, la jurisprudence française s’est mise en adéquation avec la réglementation européenne en la matière (Directive n° 2003-88 du 4 novembre 2003).

Le salarié tombe malade pendant ses congés

La jurisprudence considère actuellement que l’employeur s’est acquitté de ses obligations en accordant le congé dû et que les divers incidents qui ne sont pas de son fait intervenant pendant ce congé ne peuvent modifier l’étendue de ses obligations (Cass. soc., 18 mars 1975). Le salarié ne peut donc exiger la prolongation de son congé ou obtenir un nouveau congé, même non rémunéré.

Pendant sa maladie, le salarié pourra cumuler :

• son indemnité de congés payés calculée normalement ;
• les indemnités journalières de Sécurité sociale.

En revanche, la jurisprudence refuse tout cumul entre l’indemnité de congés payés et les indemnités de maladie qui peuvent être mises à la charge de l’employeur sous forme de maintien total ou partiel du salaire.

La Cour de justice de l’Union européenne a un avis différent et considère que le salarié qui tombe malade pendant ses congés annuels a droit au report de ceux-ci (CJUE, 10 septembre 2009). La jurisprudence française devrait donc évoluer dans ce sens.